微RNA与微RNA靶数据库

小分子核糖核酸(microRNA,miRNA,微RNA)是一类由内源基因编码的长度约为22个核苷酸的非编码单链RNA 分子,它们在动植物中参与转录后基因表达调控[1].。microRNA (微RNA)参与各种各样的生物学过程,包括凋亡、增殖、分化和细胞周期。此外,microRNA(微RNA)还与肿瘤和其他疾病的发生和发展相关。这里收集了目前比较流行的microRNA(微RNA)基因及其靶基因数据库,以便大家使用和查询.

microRNA靶基因数据库 编辑

数据库名字 数据库描述 数据库类型 网页链接 参考文献
targetScan targetScan 搜寻动物的microRNA靶基因。 database,webserver website页面存档备份,存于互联网档案馆 [2]
starBase starBase 从高通量的CLIP-Seq实验数据(CLIP-SeqHITS-CLIP)和降解组实验数据中(degradome sequencing)搜寻micorRNA的靶标。提供了各式各样的可视化界面去探讨microRNA的靶标 database website [3]
PicTar PicTar 联合的microRNA靶标预测。 database,webserver,predictions website [4]
PITA PITA基于靶位点的可接性(target-site accessibility)预测microRNA的靶标。 webserver,predictions predictions页面存档备份,存于互联网档案馆 [5]
RNA22 RNA22基因序列特征预测microRNA的结合位点。 webserver,predictions webserver [6]
miRecords 一个整合的microRNA靶标数据库。 database website [7]
TarBase 一个全面收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。 database website [8]
miRTarBase 一个全面收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。 database website [9]

MicroRNA数据库 编辑

数据库名字 数据库描述 数据库类型 网页链接 参考文献
deepBase deepBase 从新一代测序技术(深度测序技术,deep-sequencing)数据中注释和鉴定microRNA,piRNA,siRNA基因及长非编码RNA基因及其他们的表达模式。 database website [10]
miRBase miRBase 数据库是查询和发布发表的microRNA基因。 database website页面存档备份,存于互联网档案馆 [11]
microRNA.org microRNA.org 构建和查询microRNA的表达模式及microRNA的靶标。 database website [12]
miRGen miRGen研究动物的microRNA基因组织和功能。 database website页面存档备份,存于互联网档案馆 [13]
miRNAMap miRNAMap: 动物microRNA基因的基因组的map和microRNA的靶基因。 database website [14]
PMRD 植物microRNA数据库 database website页面存档备份,存于互联网档案馆 [15]
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参考资料 编辑

  1. ^ Bartel, DP. MicroRNAs: target recognition and regulatory functions. Cell. 2009, 136 (2): 215–33. PMID 19167326. doi:10.1016/j.cell.2009.01.002. 
  2. ^ Lewis BP, Burge CB, Bartel DP. Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets.. Cell. 2005, 120 (1): 15–20. PMID 15652477. doi:10.1016/j.cell.2004.12.035. 
  3. ^ Yang JH, Li JH, Shao P, Zhou H, Chen YQ, Qu LH. starBase: a database for exploring microRNA–mRNA interaction maps from Argonaute CLIP-Seq and Degradome-Seq data.. Nucl. Acids Res. 2010, (Database issue): 1–8. PMID 21037263. doi:10.1093/nar/gkq1056. 
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  14. ^ Hsu PW, Huang HD, Hsu SD, Lin LZ, Tsou AP, Tseng CP, Stadler PF, Washietl S, Hofacker IL. miRNAMap: genomic maps of microRNA genes and their target genes in mammalian genomes.. Nucl. Acids Res. 2006, 34 (Database issue): D135–139. PMC 1347497 . PMID 16381831. doi:10.1093/nar/gkj135. 
  15. ^ Zhang Z, Yu J, Li D, Zhang Z, Liu F, Zhou X, Wang T, Ling Y, Su Z. PMRD: plant microRNA database.. Nucl. Acids Res. 2010, 38 (Database issue): D806–813. PMC 2808885 . PMID 19808935. doi:10.1093/nar/gkp818. 

延伸阅读 编辑

外部链接 编辑