孫元衡,字湘南,中國清朝官員,安徽桐城人。
孫元衡爲貢生出身,康熙四十四年(1705年)台灣府海防補盜同知。次年接替病逝于任內的毛殿颺,擔任諸羅縣知縣。康熙四十六年(1707年)改任台灣府台灣縣知縣。
1703年(大清康熙42年):孫元衡完成《赤崁集》[1]。