孫元衡，字湘南，中國清朝官員，安徽桐城人。
孫元衡爲貢生出身，康熙四十四年（1705年）台灣府海防補盜同知。次年接替病逝于任內的毛殿颺，擔任諸羅縣知縣。康熙四十六年（1707年）改任台灣府台灣縣知縣。
1703年（大清康熙42年）：孫元衡完成《赤崁集》[1]。