系統發生樹
（重定向自有根樹）
系統發生樹（英語：phylogenetic tree）又稱演化樹或进化树（evolutionary tree），是表明被認爲具有共同祖先的各物種間演化關係的樹状图。是一種親緣分支分類方法（cladogram）。在图中，每個節點代表其各分支的最近共同祖先，而節點间的綫段長度對應演化距離（如估計的演化時間）。
樹的種類编辑
根编辑
肌球蛋白的無根樹
樹可分爲有根樹和無根樹兩類。有根樹是具有方向的樹，包含唯一的節點，將其作爲樹中所有物種的最近共同祖先。右圖即是一個有根樹，表示了三域系統(Woese 1998)。最常用的確定樹根的方法是使用一個或多個無可爭議的同源物種作爲外群（英文outgroup），這個外群要足夠近，以提供足夠的信息，但又不能太近以至于和樹中的種類相混。
把有根樹去掉根即成爲無根樹。一棵無根樹在沒有其他信息（外群）或假設（如假設最大枝長爲根）時不能確定其樹根。無根樹是沒有方向的，其中線段的兩個演化方向都有可能。
樹的算法编辑
矩陣法编辑
近鄰結合法 neighbor-joining (NJ)
簡約法编辑
最大簡約法 maximum parsimony (MP)
最大似然法编辑
最大似然估计 maximum likelihood (ML)
后驗概率法编辑
貝葉斯法 Bayesian
相關軟件编辑
Phylip编辑
官方網站：http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html （英文）
ARB编辑
官方網站：http://www.arb-home.de/ （英文）
MrBayes编辑
官方網站：http://mrbayes.csit.fsu.edu/index.php （英文）
BAMBE编辑
http://www.mathcs.duq.edu/larget/bambe.html (英文)
軟件编辑
参考文献编辑
- ^ Letunic, I; Bork, P. Interactive Tree Of Life (iTOL): an online tool for phylogenetic tree display and annotation.. Bioinformatics (Pubmed). 2007, 23 (1): 127–8. PMID 17050570. doi:10.1093/bioinformatics/btl529.
- ^ Ciccarelli, FD; Doerks, T; Von Mering, C; Creevey, CJ; Snel, B; Bork, P. Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life. Science (Pubmed). 2006, 311 (5765): 1283–7. Bibcode:2006Sci...311.1283C. PMID 16513982. doi:10.1126/science.1123061.