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澎湖水師協台灣清治時期甫開始;1684年即於台灣澎湖境內設置的軍事單位。其原因是在清軍攻下台灣與擊潰明鄭水師過程中,認識到澎湖群島其實是台灣本島和福建的門戶。而設置此水師協,也就是為了扼住台灣海峽之戰略位置。

隸屬於台灣鎮澎湖水師協,其水師協內的最高長官為副將,官職品等則為從二品,共轄有左右兩營兵士,兵力達2000人。1886年,中法戰爭於台灣發生俗稱西仔反相關戰事,戰事過程中,孤拔所屬法國艦隊輕易攻佔澎湖,因此,清朝政府將澎湖水師協升格為澎湖水師鎮,直接受台灣巡撫或之下的台灣道制約。不過從水師協升格後水師鎮的的此清朝軍事單位於1895年的甲午戰爭末期,遭日軍擊敗。並在台灣日治時期開始後,加以裁撤。


先前機關:
澎湖軍事單位
1684年-1886年
後繼機關:
澎湖水師鎮

歷屆澎湖水師協副將编辑