小核衣菌目（学名：Pyrenulales）为散囊菌纲的一目真菌。
小核衣菌目
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| Pyrenula pseudobufonia的植物标本
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科学分类 
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| 界：
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真菌界 Fungi
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| 门：
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子囊菌门 Ascomycota
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| 纲：
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散囊菌綱 Eurotiomycetes
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| 目：
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小核衣菌目 Pyrenulales
Fink ex D. Hawksw. & O.E. Erikss. (1986)
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下属分类
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- 小核衣菌科 Pyrenulaceae
- Requienellaceae
- Not assigned
小核衣菌目下未指定科的属：
- Porothelium
- Rhaphidicyrtis
- Xenus
参考文献
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