UniProt
UniProt（联合的蛋白）是一个全面的，高质量的，免费使用的蛋白质序列与功能信息数据库，许多内容来自基因组计划，它还包含了大量来自研究文献的关于蛋白的生物学功能信息。
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| 内容 | |
| 有机体 | 所有 |
| 相关信息 | |
| 研究中心 | 英国EMBL-EBI、瑞士SIB、美国PIR |
| 访问入口 | |
| 数据格式 | Custom flat file, FASTA, GFF, RDF, XML. |
| 网站 | www |
| 下载地址 | www |
| 网络服务地址 | 是 – JAVA应用程序接口在这里看到信息&表达层状态转换在这里看到信息 |
| 工具 | |
| Web | 高级搜索，BLAST，ClustalO，批量检索/下载，ID映射 |
| 其他 | |
| 许可 | 创作共享署名-禁止改作 |
| 版本 | 是 |
| 数据发布频率 | 4周一次 |
| 管理政策 | 是 – 手动和自动。 数据库监护人和计算算法生成的自动注释规则。 |
| 可否列为书签 | 是 – 个别蛋白质条目和搜索 |
UniProt共同体 编辑
UniProt共同体由欧洲生物信息研究所, 瑞士生物信息研究所，以及美国Protein Information Resource组成。欧洲生物信息研究所坐落于英国茵格斯顿的Wellcome Trust Genome Campus，拥有大量的生物信息学数据库及服务资源。瑞士生物信息研究所位于瑞士的日内瓦，维持专家蛋白质分析系统（Expert Protein Analysis System，一个蛋白质组学工具和数据库资源中心）服务器的运作。2002年，EBI，SIB和PIR联合成为UniProt共同体[1]。
UniProt数据库的根源 编辑
每个共同体成员都积极参与蛋白质数据库维护和注释。 直到最近，EBI和SIB一起生产了Swiss-Prot和TrEMBL数据库，而PIR生产了蛋白质序列数据库（PIR-PSD）[2][3][4]。 这些数据库与不同的蛋白质序列覆盖和注释优先级共存。
参考文献 编辑
- ^ 2002 Release: NHGRI Funds Global Protein Database. National Human Genome Research Institute (NHGRI). [14 April 2018]. （原始内容存档于2015-09-24）.
- ^ O'Donovan, C.; Martin, M. J.; Gattiker, A.; Gasteiger, E.; Bairoch, A.; Apweiler, R. High-quality protein knowledge resource: SWISS-PROT and TrEMBL. Briefings in Bioinformatics. 2002, 3 (3): 275–284. PMID 12230036. doi:10.1093/bib/3.3.275.
- ^ Wu, C. H.; Yeh, L. S.; Huang, H.; Arminski, L.; Castro-Alvear, J.; Chen, Y.; Hu, Z.; Kourtesis, P.; Ledley, R. S.; Suzek, B. E.; Vinayaka, C. R.; Zhang, J.; Barker, W. C. The Protein Information Resource. Nucleic Acids Research. 2003, 31 (1): 345–347. PMC 165487
. PMID 12520019. doi:10.1093/nar/gkg040.
- ^ Boeckmann, B.; Bairoch, A.; Apweiler, R.; Blatter, M. C.; Estreicher, A.; Gasteiger, E.; Martin, M. J.; Michoud, K.; O'Donovan, C.; Phan, I.; Pilbout, S.; Schneider, M. The SWISS-PROT protein knowledgebase and its supplement TrEMBL in 2003. Nucleic Acids Research. 2003, 31 (1): 365–370. PMC 165542 . PMID 12520024. doi:10.1093/nar/gkg095.
外部链接 编辑
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