遺傳距離

遺傳距離（Genetic distance）是用來衡量物種之間或同一物種的群體之間的遺傳分化的指標。對某一基因來說，兩個群體有類似的等位基因，且頻率相似，彼此的遺傳距離較小，說明他們的共同起源比較近。

常用遺傳距離

根井標準距離

主條目：根井標準距離

1972年，日裔美國群體遺傳學家根井正利（Masatoshi Nei）提出了一種遺傳距離的計算方法，後來被稱為「根井標準距離」（英語：Nei's standard genetic distance）。這種方法假設遺傳差異是突變和漂變兩個因素造成的，適用於每年或每個世代的遺傳變化速率穩定的情況。在這種情況下，群體間的根井標準距離（D）與彼此分化的時間成正比，公式如下：

${\begin{aligned}D=-\ln {\frac {\sum \limits _{l}\sum \limits _{u}X_{u}Y_{u}}{\sqrt {(\sum \limits _{l}\sum \limits _{u}X_{u}^{2})(\sum \limits _{l}\sum \limits _{u}Y_{u}^{2})}}}\end{aligned}}$

雷諾茲遺傳距離

In 1983年，約翰·雷諾茲（John Reynolds）、B·S·維爾（B.S. Weir）和考克漢姆（C. Clark Cockerham）提出了一種後來得名「雷諾茲遺傳距離」（Distance de Reynolds）的方法，假設群體的遺傳分化中沒有突變的作用，而完全是漂變導致的情況下，共祖參數（Coancestry coefficient） $\Theta$可以用於遺傳距離的量度，計算為：

${\begin{aligned}\Theta _{w}={\sqrt {\frac {\sum \limits _{l}\sum \limits _{u}(X_{u}-Y_{u})^{2}}{2\sum \limits _{l}(1-\sum \limits _{u}X_{u}Y_{u})}}}\end{aligned}}$