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核糖核酸内切酶(英语:Endoribonuclease)是一种RNA酶,对核糖核酸内一定碱基序列中某一定位置发生作用(可以是单链或双链),把该处的链切开,再由核糖核酸外切酶进行分解剪切。核糖核酸内切酶可以是单个蛋白,如RNase III、RNase A、RNase T1和RNase H等;也可以是单个或多个蛋白与RNA的复合体,如核酶RNase P和RNA诱导沉默复合体(RNA-induced silencing complex,RISC)。