东门古镇在长江北岸,大致和南京市纬度相当,位于北纬31°14'东经118°20'左右,在长江与滁河水系之间,朱家山河和西北部的滁河和东南部的长江连通。东门古镇在老山山脉近旁,四周丘陵起伏。江河沿岸均有江水冲积形成的洲地,有着肥沃的土地,和丰富物产。全镇总面积三平方公里左右   

东门古镇和南京同属亚热带季风气候,雨量年际、季节之间差异比较大,丰枯现象比较明显,降雨量在季节上分布不是很均匀。根据历史资料统计发现,该镇多年平均降雨量为11025毫米,丰水年高达17787毫米(1991年),枯水年仅有464毫米(1978年),汛期(5月~9月)平均降雨量为7132毫米,汛期最大降雨量1324.6毫米(1991年),最小降雨量2485毫米(1978年),最大日降雨量3016毫米(2003年7月5日)。   

朱家山河是东门古镇的母亲河。东门古镇分别属于滁河和长江两条水系,大致以老山山脉为界,老山山脉南边为长江水系,以北则为滁河水系。朱家山河是经过东门古镇的一条连接长江滁河的通江分洪道,它有效减轻了滁河对东门的水患。