愛沙尼亞足球協會(愛沙尼亞語:Eesti Jalgpalli Liit,簡稱EJL)是愛沙尼亞的足球主管團體,總部設於塔林,負責組織各級聯賽(最高級別是爱沙尼亚足球甲级联赛)、愛沙尼亞盃(Estonian Cup)及愛沙尼亞國家隊。
愛沙尼亞足球協會早於1923年已加入歐洲足協,但其後因被蘇聯併吞而解散。1992年脫離俄羅斯獨立後再重新加入。