段叔军(?—?),西晋五胡十六国时代军事人物,辽西鲜卑族段部鲜卑首领段匹磾的弟弟。

318年,段末波杀堂叔段涉复辰,成为段部鲜卑的首领。段涉复辰的侄子段匹磾幽州攻打令支的段末波,段末波击败段匹磾,晋朝太尉刘琨的嫡长子刘群被俘。段末波对刘群非常有礼,想和刘琨共同攻击段匹磾。段匹磾本来非常信任刘琨。但段匹磾的弟弟段叔军说:“我们是胡夷,能让晋朝人服从我们的原因是他们畏惧我们人数众多。现在我们骨肉不和,正是晋人图谋的机会,如果有人奉刘琨做首领起兵,我们段部鲜卑一族就完了。”段匹于是羁留了刘琨,不让他返回。五月初八,段匹磾假称奉诏拘捕刘琨,勒死刘琨。

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