細菌孢子是一種孢子或類孢子的結構,由細菌所生成。其中包括內孢子(藍藻綠藻的絲狀體的)厚壁孢子,以及放線菌固氮菌生成的孢子。

在細菌中,孢子的形成僅僅是一種在惡劣環境中生存的辦法,而非一種生殖的方式。
細菌孢子擁有以下的特色:

  1. 能夠忍受極端的乾燥;
  2. 部分能生存於零下的溫度;
  3. 部分會散布毒性的化合物, 例如蘇力菌合成 Cry毒素。

細菌孢子的環境耐性很強。舉個例子,破傷風桿菌炭疽桿菌有能力存活於土壤中數年的時間。細菌孢子的發現起源於19世紀,一位生物學家注意到顯微鏡下一個小巧,圓潤,明亮的物體在細菌之中。即便細菌被沸騰加熱5分鐘,它仍能生存下來。沸騰加熱5分鐘殺了細菌卻殺不死細菌孢子。[1]页面存档备份,存于互联网档案馆)當環境適宜的時候他們就會發芽
由於細菌孢子的環境抗性很強,他們具有高度傳播性。這使得如艱難梭菌這類有細菌孢子保護的病原菌形成了很大的問題。

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