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大学共同利用机关	國立歷史民俗博物館国文学研究资料馆（日语：国文学研究資料館）国立国语研究所国际日本文化研究中心综合地球环境学研究所（日语：総合地球環境学研究所）國立民族學博物館

大学共同利用机关	國立天文台核融合科学研究所（日语：核融合科学研究所）基础生物学研究所（日语：基礎生物学研究所）生理学研究所（日语：生理学研究所）分子科学研究所（日语：分子科学研究所）

其他研究组织	宇宙生物学中心（日语：アストロバイオロジーセンター）新分野创成中心（日语：新分野創成センター）生命创成探究中心（日语：生命創成探究センター）国际合作研究中心冈崎共通研究设施（日语：岡崎共通研究施設）

大学共同利用机关	素粒子原子核研究所（日语：素粒子原子核研究所）物质构造科学研究所（日语：物質構造科学研究所）加速器研究设施（日语：加速器研究施設）共通基础研究设施（日语：高エネルギー加速器研究機構）

大学共同利用机关	国立极地研究所（日语：国立極地研究所）國立情報學研究所统计数理研究所（日语：統計数理研究所）國立遺傳學研究所

其他研究组织	数据科学共同利用基础设施（日语：データサイエンス共同利用基盤施設）

大学共同利用研究机关
关系组织

关联项目

废止

大学共同利用机关	媒体教育开发中心（日语：メディア教育開発センター）