- 南京吏部:考核南京六部與南直隸地區的官吏,並有京察。
- 南京戶部:徵收南直隸,與浙江、江西、湖廣三行省的布稅食糧,並管理南直隸地區的戶籍。
- 南京禮部:主要負責南直隸祭祀之事,尤其明太祖陵墓孝陵。
- 南京兵部:負責守備南直隸地區,由南京鎮守太監(正式名称为南京守备太监)監軍。
- 南京刑部:管理南直隸地區勳舊、官吏、民眾的司法案件。
- 南京工部:管理南直隸地區工程事宜,也鑄造南直鹽引。
- ^ 《明史》(卷111):“自洪武十三年始.成祖遷都,南京止設侍郎.仁宗乃有尚書、都御史而未備.備官自孝宗始.其權位重者曰參贊機務,憲宗後乃專屬之兵部.然累世承平,履其任者,惟養清望而已,無關政本……”