氨酰-tRNA合成酶
胺基酸醯基轉運核醣核酸合成酶，又稱胺酰-tRNA合成酶（aminoacyl tRNA synthetase，通常简写为aaRS或ARS）是一类催化特定胺基酸或其前体与对应tRNA发生酯化反应而形成胺酰tRNA的酶。由于每一种的胺基酸与tRNA的连接都需要专一性的胺酰tRNA合成酶来催化，因此胺酰tRNA合成酶的种类与标准胺基酸的数量一样都为20种。
| tRNA反密碼子結合結構域 | |||||||||
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 嗜熱棲熱菌的亮氨醯-tRNA合成酶與轉移後編輯受質相似物（post-transfer editing substrate analogue）所結合成的複合體 | |||||||||
| 鑑定 | |||||||||
| 標誌 | Anticodon_2 | ||||||||
| Pfam | PF08264（旧版） | ||||||||
| InterPro | IPR013155 | ||||||||
| SCOP | 1ivs / SUPFAM | ||||||||
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| DALR反密碼子結合結構域1 | |||||||||
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 嗜熱棲熱菌的精氨醯-tRNA合成酶 | |||||||||
| 鑑定 | |||||||||
| 標誌 | DALR_1 | ||||||||
| Pfam | PF05746（旧版） | ||||||||
| Pfam宗系 | CL0258（旧版） | ||||||||
| InterPro | IPR008909 | ||||||||
| SCOP | 1bs2 / SUPFAM | ||||||||
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| DALR反密碼子結合結構域2 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 半胱氨醯-tRNA合成酶與半胱氨酸tRNA（tRNACys）複合體的晶體結構 | |||||||||
| 鑑定 | |||||||||
| 標誌 | DALR_2 | ||||||||
| Pfam | PF09190（旧版） | ||||||||
| Pfam宗系 | CL0258（旧版） | ||||||||
| InterPro | IPR015273 | ||||||||
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功能 编辑
在翻译过程中，每种tRNA分子都需要与相应的胺基酸结合，然后将这些胺基酸运送到核糖体进行蛋白质合成。这种结合是在一系列胺酰-tRNA合成酶的作用下完成的，这些酶通过酯化反应将正确的胺基酸与对应的tRNA分子相连接。连接反应的第一步是在合成酶作用下，ATP分子和对应的胺基酸（或其前体）结合形成胺酰-AMP（腺苷酸），并释放出无机焦磷酸（PPi）。然后，酶与胺酰-AMP复合物再与正确的tRNA分子结合，催化胺基酸从胺酰-AMP转移到tRNA的3'端最后一个碱基的2'-或3'-羟基上。一些合成酶还具有校对功能以确保tRNA结合的正确性：如果tRNA被发现与错误的胺基酸相连接，那么所形成的胺酰-tRNA会通过水解重新被打开。[2]
反应式 编辑
胺酰-tRNA合成酶所催化反应的反应式如下：[2]
- 胺基酸 + ATP → 胺酰-AMP + PPi
- 胺酰-AMP + tRNA → 胺酰-tRNA + AMP
总反应式：胺基酸 + tRNA + ATP → 胺酰-tRNA + AMP + PPi
分类 编辑
根据序列和活性位点的结构的不同，胺酰-tRNA合成酶可以被分为两大类：[2][3]
- 类型I含有两个高度保守的序列基序，这类酶所催化的胺酰化发生在tRNA上腺苷的2'-羟基上，并且酶分子通常的活性形式为单体或二聚体。
- 包括GluRS、GlnRS、ArgRS、CysRS、MetRS、ValRS、IleRS、LeuRS、TyrRS和TrpRS，其中CysRS、MetRS、TyrRS和TrpRS为同源二聚体，其余为单体
- 类型II含有三个高度保守的序列基序，这类酶所催化的胺酰化发生在tRNA上同一个腺苷的3'-羟基上，并且酶分子通常的活性形式为二聚体或四聚体。例外的是苯丙胺酰tRNA合成酶，虽然被归类于类型II，它催化的胺酰化发生2'-羟基上。
- 包括GlyRS、AlaRS、ProRS、SerRS、ThrRS、HisRS、AspRS、AsnRS、LysRS和PheRS，其中AlaRS为同源四聚体，GlyRS和PheRS异源四聚体，其余为同源二聚体
无论胺酰基开始被连接到腺苷上的哪一个羟基上，最终都会连接到3'羟基上，因为2'-O-胺酰-tRNA会通过酯交换反应（transesterification）转移到3'羟基上。
结构 编辑
两类胺酰-tRNA合成酶都是多结构域蛋白质。典型的情况下，一个胺酰tRNA合成酶是由一个催化结构域（以上反应发生的区域）和一个反密码子结合结构域（与tRNA上的反密码子作用的区域，来保证胺基酸结合到正确的tRNA分子上）。一些胺酰-tRNA合成酶还具有RNA结合结构域和「编辑」结构域，负责将不正确连接的胺酰-tRNA重新打开。[4]
同一类型中所有的胺酰-tRNA合成酶的催化结构域都是同源的，但两个类型（类型I和II）之间却没有同源关系。类型I的胺酰-tRNA合成酶普遍具有罗斯曼折叠和反平行的β折叠结构，而类型II的酶则具有不同的由反平行的β折叠所形成的结构。
进化 编辑
同一专一性中多数氨酰-tRNA合成酶在进化上的相关性比而不同专一性之间要高得多。然而，天冬酰氨酰-tRNA合成酶（AsnRS）和谷胺酰胺酰-tRNA合成酶（GlnRS）则分别相似于天冬胺酰-tRNA合成酶（AspRS）和谷氨酰-tRNA合成酶（GluRS）。大多数胺酰-tRNA合成酶属于类型I或II，而赖氨酰-tRNA合成酶（LysRS）则具有两个版本：一个属于类型I，另一个属于类型II。[5]
多数胺酰-tRNA合成酶的每一种都具有典型的进化分布规律，即可以古菌、细菌和真核生物来分组，相应组别中的酶进化关系接近。
参考文献 编辑
- ^ （英文）Woese, C. R., Olsen, G. J., Ibba, M. & Söll, D. Aminoacyl-tRNA synthetases, the genetic code, and the evolutionary process. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2000, 64: 202–236.
- ^ 2.0 2.1 2.2 （英文）Ibba M, Soll D. Aminoacyl-tRNA synthesis. Annu Rev Biochem. 2000, 69: 617–50. PMID 10966471.
- ^ （英文）tRNA Synthetases. [2007-08-18]. （原始内容存档于2012-08-04）.
- ^ （英文）High Fidelity. [2007-08-18]. （原始内容存档于2011-06-08）.
- ^ （英文）Ibba, M., Morgan, S., Curnow, A. W., Pridmore, D. R., Vothknecht, U. C., Gardner, W., Lin, W., Woese, C. R., and Söll, D. A Euryarchaeal Lysyl-tRNA Synthetase: Resemblance to Class I Synthetases. Science. 1997, 278: 1119–1122.