祖孝孫，隋唐時樂律學家。
父祖崇儒，官至齊州長史。祖孝孫精曆算數學。隋初開皇年間任協律郎，參定雅樂、京房律法。曾向陳山陽太守毛爽學習“京房律法”。唐初任太常少卿，教宮女音樂。教得不好，宮女沒有長進，太宗責怪孝孫。王珪與溫彥博替祖孝孫辯解：“孝孫雅士，今乃令教宮人，更加譴責，毋乃非宜。”太宗更加生氣，王珪據理力爭。《新唐書》有傳。