祖孝孫（562年—631年），字德懋，隋唐時期樂律學家。
祖孝孫精曆算數學。隋初開皇年間任協律郎，參定雅樂、京房律法。曾向陳山陽太守毛爽學習「京房律法」。唐初任太常少卿，教宮女音樂。教得不好，宮女沒有長進，太宗責怪孝孫。王珪與溫彥博替祖孝孫辯解：「孝孫雅士，今乃令教宮人，更加譴責，毋乃非宜。」太宗更加生氣，王珪據理力爭。《新唐書》有傳。
曾祖祖瑗，魏東魯二郡、鍾離侯。祖祖遵，魏衛將軍、右光祿大夫、淮川公。父祖崇儒，官至齊州長史。
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