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UniProt

蛋白質序列和功能信息數據庫



UniProt(聯合的蛋白)是一个全面的,高质量的,免费使用的蛋白质序列与功能信息数据库,许多内容来自基因组计划,它还包含了大量来自研究文献的关于蛋白的生物学功能信息。

聯合的蛋白
UPlogo1.png
内容
有機體 所有
相關信息
研究中心 英国EMBL-EBI、瑞士SIB英语Swiss Institute of Bioinformatics、美国PIR英语Protein Information Resource
访问入口
数据格式 Custom flat file, FASTA英语FASTA, GFF英语GFF, RDF, XML.
网站 www.uniprot.org
下載地址 www.uniprot.org/downloads&用於下載完整的數據集ftp.uniprot.org
網絡服務地址 是 – JAVA应用程序接口在這裡看到信息&表現層狀態轉換在這裡看到信息
工具
Web 高級搜索,BLASTClustal英语ClustalO,批量檢索/下載,ID映射
其他
许可 創作共用署名-禁止改作
版本
數據發佈頻率 4周一次
管理政策 是 – 手動和自動。 數據庫監護人和計算算法生成的自動註釋規則。
可否列為書籤 是 – 個別蛋白質條目和搜索

目录

UniProt共同体编辑

UniProt共同体由欧洲生物信息研究所, 瑞士生物信息研究所英语Swiss Institute of Bioinformatics,以及美国Protein Information Resource英语Protein Information Resource组成。欧洲生物信息研究所坐落于英国茵格斯顿英语HinxtonWellcome Trust Genome Campus英语Wellcome Trust Genome Campus,拥有大量的生物信息学数据库及服务资源。瑞士生物信息研究所位于瑞士的日内瓦,维持專家蛋白質分析系統英语ExPASy(Expert Protein Analysis System,一个蛋白质组学工具和数据库资源中心)服务器的运作。2002年,EBI,SIB和PIR联合成为UniProt共同体[1]

UniProt数据库的根源编辑

每个共同体成员都积极参与蛋白质数据库维护和注释。 直到最近,EBI和SIB一起生产了Swiss-Prot和TrEMBL数据库,而PIR生产了蛋白质序列数据库(PIR-PSD)[2][3][4]。 这些数据库与不同的蛋白质序列覆盖和注释优先级共存。

参考文献编辑

  1. ^ 2002 Release: NHGRI Funds Global Protein Database. National Human Genome Research Institute (NHGRI). [14 April 2018]. (原始内容存档于2015-09-24). 
  2. ^ O'Donovan, C.; Martin, M. J.; Gattiker, A.; Gasteiger, E.; Bairoch, A.; Apweiler, R. High-quality protein knowledge resource: SWISS-PROT and TrEMBL. Briefings in Bioinformatics. 2002, 3 (3): 275–284. PMID 12230036. doi:10.1093/bib/3.3.275. 
  3. ^ Wu, C. H.; Yeh, L. S.; Huang, H.; Arminski, L.; Castro-Alvear, J.; Chen, Y.; Hu, Z.; Kourtesis, P.; Ledley, R. S.; Suzek, B. E.; Vinayaka, C. R.; Zhang, J.; Barker, W. C. The Protein Information Resource. Nucleic Acids Research. 2003, 31 (1): 345–347. PMC 165487. PMID 12520019. doi:10.1093/nar/gkg040. 
  4. ^ Boeckmann, B.; Bairoch, A.; Apweiler, R.; Blatter, M. C.; Estreicher, A.; Gasteiger, E.; Martin, M. J.; Michoud, K.; O'Donovan, C.; Phan, I.; Pilbout, S.; Schneider, M. The SWISS-PROT protein knowledgebase and its supplement TrEMBL in 2003. Nucleic Acids Research. 2003, 31 (1): 365–370. PMC 165542. PMID 12520024. doi:10.1093/nar/gkg095. 

外部链接编辑