掃描電子顯微鏡是一種利用電子束掃描樣品表面從而獲得樣品信息的電子顯微鏡。它能產生樣品表面的高分辨率圖像,且圖像呈三維,掃描電子顯微鏡能被用來鑑定樣品的表面結構。掃描電子顯微鏡由三大部分組成:真空系統,電子束系統以及成像系統。與普通光學顯微鏡不同,在SEM中,是通過控制掃描區域的大小來控制放大率的。如果需要更高的放大率,只需要掃描更小的一塊面積就可以了。放大率由屏幕/照片面積除以掃描面積得到。圖為跳蚤的掃描電子顯微鏡圖片。