斯科普里城市博物館（馬其頓語：Музеј на град Скопје）是北馬其頓共和國首都斯科普里的一座博物館。
斯科普里城市博物館位於一座舊火車站的建築內，1949年由前南斯拉夫政府建立，1963年，因斯科普里發生地震，部分館舍被毀，後在1965年重建。博物館主要展示有關斯科普里歷史的藏品，展示斯科普里自公元前3000年至今的歷史。
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座標：41°59′27″N 21°25′46″E / 41.99083°N 21.42944°E / 41.99083; 21.42944