破囊壺菌科（學名：Thraustochytriaceae）是水霉目下的一個科。
破囊壺菌科
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科學分類 
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| 界：
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色藻界 Chromista
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| 門：
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雙環門 Bigyra
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| 綱：
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盤蜷綱 Labyrinthulea
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| 目：
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破囊壺菌目 Thraustochytrida
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| 科：
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破囊壺菌科 Thraustochytriaceae
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| 屬
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見正文
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下屬分類
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本科包括以下屬：[1]
- 日本壺菌屬 Japanochytrium
- 類網黏菌屬 Labyrinthuloides F.O.Perkins, 1973
參考文獻
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