PICRUSt
生物信息学软件包
PICRUSt [1]是一個生物信息學軟件包。 該名稱是「Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States」（隱性狀態重建進行菌群進化研究） 的縮寫。
| 原作者 | Morgan Langille,Jesse Zaneveld, Dan Knights, Joshua A Reyes, Jose C Clemente, Deron E Burkepile, Rebecca L Vega Thurber, Rob Knight, Robert G Beiko, Curtis Huttenhower |
|---|---|
| 開發者 | Morgan Langille,Jesse Zaneveld,Daniel McDonald,Greg Caporaso,Gavin Douglas |
| 首次發佈 | 2013年7月29日 |
| 程式語言 | Python, R |
| 網站 | picrust |
該工具可用於宏基因組分析領域，該工具可基於一個或多個樣本的標記基因調查推斷微生物群落的功能概況。 PICRUSt 本質上使用了用戶提供的OTU表，該表代表標記基因序列（最常見的是16S 簇 ）及其在每個樣本中的相對豐度。 PICRUSt的輸出是按功能基因計數矩陣進行抽樣的樣本，給出每個研究樣本中的功能基因計數。 PICRUSt估計指定樣品的能基因譜的能力取決於一組已知的測序基因組 。 這也可以被認為是使用自動化代替手動研究可能存在於16S核糖體RNA 擴增子文庫中序列生物體中存在的基因家族。
參考文獻 編輯
- ^ Langille, Morgan G I; Zaneveld, Jesse; Caporaso, J Gregory; McDonald, Daniel; Knights, Dan; Reyes, Joshua A; Clemente, Jose C; Burkepile, Deron E; Vega Thurber, Rebecca L. Predictive functional profiling of microbial communities using 16S rRNA marker gene sequences (PDF). Nature Biotechnology. 2013, 31 (9): 814–821 [2020-01-29]. ISSN 1087-0156. PMC 3819121
. PMID 23975157. doi:10.1038/nbt.2676. （原始內容存檔 (PDF)於2018-11-04）.
