萬應奎(?—1622年),明代江西南昌府人。
早年舉人出身。任貴州安化縣知縣。有《誡子書》云:「潔己愛民四字,時時在心,汝等各完各業,不得以我為倚靠。」天啟二年(1622年),有賊圍省城。萬應奎負責運送饋餉,中途被執,罵賊而死。贈光祿寺少卿。