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| # | 博物館名 | 類型 | 等級 | 館址 | 開放時間 | 備註 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 南京博物院 | 綜合·歷史藝術 | 國家一級 | 玄武區中山東路321號 | ||
| 2 | 侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館 | 專題·歷史 | 國家一級 | 建鄴區水西門大街418號 | ||
| 3 | 南京市博物館 | 綜合·歷史藝術 | 國家二級 | 鼓樓區莫愁路188號 | ||
| 南京市太平天國歷史博物館 | 專題·歷史 | 國家二級 | 秦淮區瞻園路128號 | |||
| 南京地質博物館 | 專題·自然 | 國家二級 | 玄武區珠江路700號 | |||
| 中共代表團梅園新村紀念館 | 專題·歷史 | 國家二級 | 玄武區漢府街18-1號 | |||
| 南京雲錦博物館 | 專題·藝術 | 國家三級 | 建鄴區茶亭東街240號 | |||
| 南京市明城垣史博物館 | 專題·歷史 | 國家三級 | 玄武區解放門8號 | |||
| 南京市江寧區博物館 | 國家三級 | 江寧區東山街道竹山路80號 | ||||
| 求雨山文化名人紀念館 | 專題·藝術 | 國家三級 | 浦口區江浦街道雨山路48號 | |||
| 南京江南貢院歷史陳列館 | 秦淮區夫子廟金陵路1號 | |||||
| 南京古生物博物館 | 專題·自然 | 玄武區北京東路39號 | ||||
| 孫中山紀念館 | 玄武區中山陵藏經樓 | |||||
| 南京龜鱉自然博物館、南京顏真卿紀念館 | 鼓樓區廣州路221號烏龍潭公園 | |||||
| 南京雨花石博物館 | 雨花台區雨花路215號 | |||||
| 南京明孝陵博物館 | 專題·歷史 | 玄武區中山門外四方城1號 | ||||
| 南京市民俗博物館 | 秦淮區中山南路南捕廳15號 | |||||
| 南京江寧織造府博物館 | 玄武區長江路123號 | |||||
| 江蘇省科學技術館 | ||||||
| 南京靜海寺紀念館 | 鼓樓區建寧路288號 | |||||
| 南京市雨花台烈士紀念館 | 雨花台區雨花路215號 | |||||
| 南京市規劃建設展覽館 | 玄武區北京東路 | |||||
| 南京國防園 | 鼓樓區 | |||||
| 王謝古居展覽館 | 秦淮區 | |||||
| 夫子廟展覽館 | 秦淮區 | |||||
| 秦大士故居陳列館 | 秦淮區 | |||||
| 李香君故居陳列館 | 秦淮區 | |||||
| 南唐二陵 | 江寧區 | |||||
| 高淳博物館 | 高淳區淳溪當鋪巷78號 | |||||
| 溧水區博物館 | 溧水區永陽寶塔路21號 | |||||
| 南京抗日航空紀念館 | 玄武區王家灣289號 | |||||
| 南京中國近代史遺址博物館（總統府） | 玄武區長江路 | |||||
| 南京渡江勝利紀念館 | 鼓樓區三汊河大街101號（渡江路1號） | |||||
| 南京地震科學館 | 玄武區中山陵東新村7號 | |||||
| 南京天文歷史博物館 | 玄武區太平門外紫金山第三峰 | |||||
| 江蘇省陶行知紀念館 | 棲霞區和燕路行知園1號 | |||||
| 南京金陵文化博物館 | 鼓樓區漢中門大街31號華園26、27幢 | 民辦 | ||||
| 六合博物館 | 六合區雄州街道長江路112號 | |||||
| 南京民間抗日戰爭博物館 | 安德門大街48號 | |||||
| 傅抱石紀念館 | 鼓樓區漢口西路132號 | |||||
| 金陵竹刻藝術博物館 | 玄武區富貴山4號四樓 | 民辦 | ||||
| 南京百家湖博物館 | 江寧區利源中路99號凱旋門內 | 民辦 | ||||
| 南京指紋博物館 | 小行路16號 | |||||
| 南京長風堂博物館 | 玄武區北京東路22號和平大廈16樓 | 民辦 | ||||
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| 南京體育學院世界冠軍園 | 玄武區 | |||||
| 南京大學校史博物館 | 鼓樓區 | |||||
| 南京大學拉貝與國際安全區紀念館 | 鼓樓區小粉橋 | |||||
| 吳健雄紀念館 | 玄武區四牌樓2號東南大學兩江路 | |||||
| 楊廷寶故居紀念館 | 玄武區成賢街 | |||||
| 中華農業文明博物館 | 玄武區衛崗南京農業大學農博路1號 | |||||
| 南京航空航天館 | 秦淮區御道街南京航空航天大學 | |||||
| 南京師範大學珍稀動物標本博物館 | 棲霞區 | |||||
| 南京理工大學兵器博物館 | 玄武區 | |||||
| 中國科學院南京土壤研究所標本館 | 玄武區北京東路71號 | |||||
| 中國科學院南京土壤研究所水稻田和水稻土起源陳列館 | 玄武區北京東路71號 | |||||
| 南京魯迅紀念館 | 鼓樓區察哈爾路37號南京師範大學附屬中學 |