鎮巢軍，中國宋朝時設置的的行政區——軍。
宋理宗景定三年（1263年），在巢縣設立鎮巢軍，治所在巢縣（今安徽省巢湖市）。宋恭帝德祐二年（1276年），江北淮西地全為元朝所有，鎮巢軍孤立南宋北疆。統制洪福戰死，鎮巢軍失守。元朝廢除鎮巢軍。
