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ChEMBL

ChEMBL或ChEMBLdb是具有類藥物特性生物活性分子的化學數據庫。[1]

ChEMBL
内容
相關信息
研究中心歐洲分子生物學實驗室
实验室 英国歐洲生物信息學研究所（英语：European Bioinformatics Institute）
創始人John Overington（2008年至2015年的團隊負責人）
Andrew Leach（2016年至今的團隊負責人）
发布日期2009
访问入口
网站ChEMBL
下載地址Downloads
網絡服務地址ChEMBL Webservices
Sparql終端ChEMBL EBI-RDF Platform
工具
其他
许可The ChEMBL data is made available on a Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported Licence
版本ChEMBL_28

由英國南劍橋郡辛克斯頓（英语：Hinxton）威康信託基因組園區（英语：Wellcome Trust Genome Campus）歐洲分子生物學實驗室EMBL的歐洲生物信息學研究所EBI（英语：European Bioinformatics Institute）維護。

該數據庫由一家名為Inpharmatica Ltd.的生物技術公司開發，被稱為StARlite；後來被Galapagos NV（英语：Galapagos NV）收購。[2]隨後在EMBL-EBI由John Overington領導ChEMBL化學基因組學（英语：chemogenomics）小組成立。[3][4]

範圍和訪問 编辑

ChEMBL數據庫包含針對藥物靶點的化合物生物活性數據。生物活性以Ki、Kd、IC50、EC50報告。[5]可以過濾和分析數據，以開發化合物篩選庫，用於藥物發現過程中的先導鑑定。[6]

通過對12種藥物化學期刊34,000多篇出版物進行整理，ChEMBL_02於2010年1月推出，涵蓋622,824種化合物2.4萬種天然產物240萬個生物測定測量值。ChEMBL對可用生物活性數據覆蓋範圍已發展成「公共數據庫有史以來最全面」。[3]2010年10月，ChEMBL_08發布，涵蓋636,269種化合物超過297萬次生物測定測量。[7]

ChEMBL_10添加了PubChem確認性化驗（英语：assays）以便整合與ChEMBL包含的數據類型和類別相當的數據。[8]

ChEMBLdb可通過Web界面訪問或通過文件傳輸協議下載。適合計算機化數據挖掘，並試圖以便進行比較分析標準化不同出版物之間的活動。[1]ChEMBL還被整合到其它大型化學資源，包括PubChem、英國皇家化學會的ChemSpider系統。

相關資源 编辑

除了數據庫，ChEMBL小組還開發了用於數據挖掘的工具和資源。[9]包括一個專注於激酶的綜合化學基因組學工作台Kinase SARfari。該系統整合併鏈接了序列、結構、化合物、篩選數據（英语：Screening (medicine)）。

類似的工作台有GPCR SARfari，專注於GPCR，ChEMBL-被忽視的熱帶病（ChEMBL-Neglected Tropical Diseases、ChEMBL-NTD）是開放獲取的初級篩选和藥物化學數據存儲庫，針對非洲、亞洲、美洲發展中地區的地方熱帶病（英语：tropical diseases）。ChEMBL-NTD的主要目的是為存放的數據提供一個可自由訪問的永久存檔分發中心。[3]

2012年7月發布了新的瘧疾數據服務互联网档案馆的存檔，存档日期2016-07-30.由Medicines for Malaria Venture （页面存档备份，存于互联网档案馆）贊助，面向全球的研究人員。該服務的數據包括來自Malaria Box篩查集的化合物，以及在ChEMBL-NTD發現的其他捐贈瘧疾數據。

myChEMBL （页面存档备份，存于互联网档案馆），ChEMBL虛擬機於2013年10月發布，允許用戶訪問完整、免費、易於安裝的化學信息學基礎設施。

2013年12月，SureChem專利信息數據庫業務移交EMBL-EBI。SureChem改名SureChEMBL。

2014年引入了一種用於預測和比較跨物種的工具ADME目標新資源ADME SARfari。[10]

參見 编辑

參考 编辑

  1. ^ 1.0 1.1 Gaulton, A; et al. ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery. Nucleic Acids Research. 2011, 40 (Database issue): D1100–7. PMC 3245175  . PMID 21948594. doi:10.1093/nar/gkr777. 
  2. ^ Open access drug discovery database launches with half a million compounds | Wellcome. wellcome.ac.uk. 18 January 2010 [31 August 2019]. 
  3. ^ 3.0 3.1 3.2 Bender, A. Databases: Compound bioactivities go public. Nature Chemical Biology. 2010, 6 (5): 309. doi:10.1038/nchembio.354  . 
  4. ^ Overington J. ChEMBL. An interview with John Overington, team leader, chemogenomics at the European Bioinformatics Institute Outstation of the European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI). Interview by Wendy A. Warr. J. Comput.-Aided Mol. Des. April 2009, 23 (4): 195–8. Bibcode:2009JCAMD..23..195W. PMID 19194660. S2CID 2946417. doi:10.1007/s10822-009-9260-9. 
  5. ^ Mok, N. Yi; Brenk, Ruth. Mining the ChEMBL Database: An Efficient Chemoinformatics Workflow for Assembling an Ion Channel-Focused Screening Library. J. Chem. Inf. Model. Oct 24, 2011, 51 (10): 2449–2454. PMC 3200031  . PMID 21978256. doi:10.1021/ci200260t. 
  6. ^ Brenk, R; Schinpani, A; James, D; Krasowski, A. Lessons learnt from assembling screening libraries for drug discovery for neglected diseases. ChemMedChem. Mar 2008, 3 (3): 435–44. PMC 2628535  . PMID 18064617. doi:10.1002/cmdc.200700139. 
  7. ^ ChEMBL-og, ChEMBL_08 Released, 15 November 2010 [2010-11-15], （原始内容存档于2011-07-08） 
  8. ^ ChEMBL-og, ChEMBL_10 Released, 6 June 2011 [2011-06-09], （原始内容存档于2011-08-13） 
  9. ^ Bellis, L J; et al. Collation and data-mining of literature bioactivity data for drug discovery.. Biochemical Society Transactions. 2011, 39 (5): 1365–1370. PMID 21936816. doi:10.1042/BST0391365. 
  10. ^ Davies, M; et al. ADME SARfari: Comparative Genomics of Drug Metabolising Systems.. Bioinformatics. 2015, 31 (10): 1695–1697. PMC 4426839  . PMID 25964657. doi:10.1093/bioinformatics/btv010. 

外部鏈接 编辑

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