北海道大学综合博物馆（日语：ほっかいどうだいがくそうごうはくぶつかん）是一家由国立大学法人北海道大学设置的博物馆。
设立北海道大学综合博物馆的讨论自1960年代就已经开始，但到1999年文部省才允许设立[1]。综合博物馆展示北海道大学自札幌农学校建校以来140年的探究成果，由位于札幌校区的本馆、札幌农学校第二农场和函馆校区的水产科学馆三座设施构成。
