菌落形成單位（CFU，colony-forming unit）是計算細菌數量的一種方法，其值越高表示樣品中所含的細菌越多。菌落形成單位的計量方式與一般的計數方式不同，一般直接在顯微鏡下計算細菌數量會將活與死的細菌全部算入，但是CFU只計算活的細菌。計算的方式是將一份樣本平均地抹在瓊脂培養基上，等待菌落生成，再計算形成的菌落數目。菌落形成單位並不是一個非常精準的計算方式。
傳統上計算CFU的方式是使用筆和計數器，當菌落數過多時，一般只計算培養皿某個區域中的菌落數
使用圖像處理技術自動計算菌落數
