非等位基因(Nonallelic gene)是出現在基因組不同位置上的同一基因的兩份(或多份)拷貝。(等位基因則是出現在同源染色體的相同位置上、來自不同親本的同一基因的拷貝。)例如,紅花基因C和高莖基因D。

非等位基因可分為:異位顯性基因、互補基因、累加基因、背景基因型、微效多基因、抑制基因、調節基因、修飾基因、調節基因等。