莊秉元(?—?),中國清朝武官官員,本籍福建。行伍出身的莊秉元於1818年(嘉慶23年)奉旨接替蕭得華,於台灣地區擔任澎湖水師協副將。而隸屬台灣鎮之下的此官職職等為正二品,是台灣清治時期的這階段,扼守台灣海峽的重要武將,並統帥兩標水營,數千名水師兵勇。