1999年中國乒乓球超級聯賽，於1999年6月至2000年2月間進行，本屆比賽男女團各有8支隊伍參賽。本賽季是原中國乒乓球甲級聯賽升級為超級聯賽後進行的首個賽季，俗稱「乒超元年」，參賽隊伍為1998年中國乒乓球甲級聯賽男女團位列前八名的球隊。本賽季的男團冠軍為大滿貫得主孔令輝所在的黑龍江藍盾運輸隊，女團冠軍為擁有多名國家隊主力隊員的江蘇無錫山禾隊。
首個乒超聯賽賽季的賽制，實行三盤單打，一盤雙打，若雙方2比2戰平，則根據局數和分數定出勝負。而本賽季的乒超聯賽分為第一階段的大循環比賽，以及第二階段的淘汰賽，而於淘汰賽中取得最後勝利的球隊則成為本賽季的總冠軍球隊。另為保證下賽季的聯賽擴軍，本賽季的的乒超聯賽位列榜尾的球隊不會降入甲A聯賽。
| 男子俱樂部 |
女子俱樂部
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| 八一工商銀行俱樂部 |
江蘇無錫山禾俱樂部
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| 黑龍江藍盾運輸俱樂部 |
遼寧本鋼騰達俱樂部
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| 上海聖雪絨俱樂部 |
山西晉園俱樂部
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| 蘇州印刷總廠俱樂部 |
北京太平洋藥業俱樂部
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| 北京華聯商廈俱樂部 |
八一工商銀行俱樂部
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| 廣東羊城報業俱樂部 |
大學生東方時代俱樂部
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| 山東偉民俱樂部 |
河南邦傑俱樂部
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| 遼寧本鋼騰達樂部 |
北京華遠俱樂部
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| 名次 |
俱樂部
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| 1 |
八一工商銀行
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| 2 |
黑龍江藍盾運輸
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| 3 |
上海聖雪絨
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| 4 |
蘇州印刷總廠
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| 5 |
廣東羊城報業
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| 6 |
山東偉民
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| 7 |
遼寧本鋼騰達
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| 8 |
北京華聯
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- 上海聖雪絨隊 3:1 八一工商銀行隊
- 黑龍江藍盾運輸隊 3:1 蘇州印刷總廠隊
| 名次 |
俱樂部
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| 1 |
江蘇無錫山禾
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| 2 |
遼寧本鋼騰達
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| 3 |
山西晉園
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| 4 |
北京太平洋藥業
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| 5 |
八一工商銀行
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| 6 |
大學生東方時代
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| 7 |
河南邦傑
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| 8 |
北京華遠
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- 江蘇無錫山禾隊 2:2 北京太平洋藥業（計局數江蘇無錫山禾隊晉級）
- 遼寧本鋼騰達隊 3:0 山西晉園隊
