1999年中国乒乓球超级联赛，于1999年6月至2000年2月间进行，本届比赛男女团各有8支队伍参赛。本赛季是原中国乒乓球甲级联赛升级为超级联赛后进行的首个赛季，俗称“乒超元年”，参赛队伍为1998年中国乒乓球甲级联赛男女团位列前八名的球队。本赛季的男团冠军为大满贯得主孔令辉所在的黑龙江蓝盾运输队，女团冠军为拥有多名国家队主力队员的江苏无锡山禾队。
首个乒超联赛赛季的赛制，实行三盘单打，一盘双打，若双方2比2战平，则根据局数和分数定出胜负。而本赛季的乒超联赛分为第一阶段的大循环比赛，以及第二阶段的淘汰赛，而于淘汰赛中取得最后胜利的球队则成为本赛季的总冠军球队。另为保证下赛季的联赛扩军，本赛季的的乒超联赛位列榜尾的球队不会降入甲A联赛。
| 男子俱乐部 |
女子俱乐部
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| 八一工商银行俱乐部 |
江苏无锡山禾俱乐部
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| 黑龙江蓝盾运输俱乐部 |
辽宁本钢腾达俱乐部
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| 上海圣雪绒俱乐部 |
山西晋园俱乐部
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| 苏州印刷总厂俱乐部 |
北京太平洋药业俱乐部
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| 北京华联商厦俱乐部 |
八一工商银行俱乐部
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| 广东羊城报业俱乐部 |
大学生东方时代俱乐部
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| 山东伟民俱乐部 |
河南邦杰俱乐部
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| 辽宁本钢腾达乐部 |
北京华远俱乐部
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| 名次 |
俱乐部
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| 1 |
八一工商银行
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| 2 |
黑龙江蓝盾运输
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| 3 |
上海圣雪绒
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| 4 |
苏州印刷总厂
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| 5 |
广东羊城报业
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| 6 |
山东伟民
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| 7 |
辽宁本钢腾达
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| 8 |
北京华联
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- 上海圣雪绒队 3:1 八一工商银行队
- 黑龙江蓝盾运输队 3:1 苏州印刷总厂队
| 名次 |
俱乐部
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| 1 |
江苏无锡山禾
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| 2 |
辽宁本钢腾达
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| 3 |
山西晋园
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| 4 |
北京太平洋药业
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| 5 |
八一工商银行
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| 6 |
大学生东方时代
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| 7 |
河南邦杰
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| 8 |
北京华远
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- 江苏无锡山禾队 2:2 北京太平洋药业（计局数江苏无锡山禾队晋级）
- 辽宁本钢腾达队 3:0 山西晋园队
