鄰近連接法

生物信息学术语

鄰近連接法(英文:neighbor-joining method;又稱 NJ 法),生物資訊學術語,是一種用於構建系統發生樹(演化樹)的快速聚類方法,由日本遺傳學家齋藤成也平文式羅馬字:Saitou Naruya)和日裔美國生物學家根井正利(Nei Masatoshi)二人在1987年創立[2]。使用鄰近連接法構建演化樹時,通常需要基於 DNA 序列蛋白質數據,以此了解每對分類單元之間的距離,透過確定距離最近(或相鄰)的成對分類單元使演化樹的總距離達到最小,循環地將相鄰點合併成新的點,最終形成完整的樹型[3][4]

2002年日本國立遺傳學研究所學者齋藤成也根據世界上18個人類族群的23種遺傳訊息,以鄰近連接法估算而成的遺傳距離分支圖[1]

鄰近連接法不需要關於分子鐘的假設,不考慮任何優化標準,基本思想是進行類的合併時,不僅要求待合併的類是相近的,而且要求待合併的類遠離其他的類,從而透過對完全沒有解析出的星型演化樹進行分解,來不斷改善星型演化樹[5]

參閱

編輯

參考文獻

編輯
  1. ^ モンゴロイドの形成. 九州大學総合研究博物館日語九州大学総合研究博物館. (日語)
  2. ^ Saitou, N. & Nei, M. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Molecular Biology and Evolution英語Molecular Biology and Evolution. 1987-07-01, 4 (4): 406–425 [2020-09-19]. PMID 3447015. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a040454 . 原始內容存檔於2014-12-25. 
  3. ^ Didelot, Xavier. "Sequence-Based Analysis of Bacterial Population Structures". Robinson, D. Ashley; Falush, Daniel & Feil, Edward J (編). Bacterial Population Genetics in Infectious Disease. Hoboken, NJ: John Wiley and Sons. 2010: 46–47 [2021-07-02]. ISBN 978-0-470-42474-2. (原始內容存檔於2021-07-25). 
  4. ^ 第二屆植物學名詞審定委員會 (編). 植物学名词 (2版). 北京: 科學出版社. 2019 [2021-10-23]. ISBN 978-7-03-062178-8. (原始內容存檔於2021-10-23). (簡體中文)
  5. ^ 古生物學名詞審定委員會 (編). 古生物学名词 (2版). 北京: 科學出版社. 2009 [2021-10-23]. ISBN 978-7-03-025433-7. (原始內容存檔於2021-10-23). (簡體中文)

外部連結

編輯