PyMOL是一個開放原始碼,由使用者贊助的分子三維結構顯示軟體。由Warren Lyford DeLano編寫,並且由DeLano Scientific LLC將它商業化。DeLano Scientific LLC是一個私人的軟體公司,它致力於創造讓普遍的科學與教育社群都能取得的好用軟體工具。

PyMOL
PyMOL的使用介面:包括一個圖形顯示窗口和一個GUI窗口。
開發者DeLano Scientific LLC
目前版本
  • 2.5.0 (2021年5月10日)[1]
  • 2.5.5 (2023年3月27日;穩定版本)[2]
編輯維基數據鏈結
原始碼庫 編輯維基數據鏈結
作業系統Windows、各類LinuxUnixOSX
類型分子建模
許可協定開放原始碼,使用者贊助
網站pymol.sourceforge.net

PyMOL適用於創作高品質的小分子或是生物大分子(特別是蛋白質)的三維結構圖像。軟體的作者宣稱,在所有正式發表的科學文獻中的蛋白質結構圖像中,有四分之一是使用PyMOL來製作。

PyMOL是少數可以用在結構生物學領域的開放原始碼視覺化工具。

軟體以Py+MOL命名:「Py」表示它是由一種電腦語言Python所衍生出來的,「MOL」表示它是用於顯示分子(英文為molecule)結構的軟體。

商業化舉措 編輯

自2006年8月1日起,DeLano Scientific對於事先編譯過的PyMOL執行程式(包括beta版)的取得採取限定下載的措施。 目前,完全無限制的可執行程式只有付費使用者可以取得。學生和教師可以通過一項聲明來取得教育版PyMOL以用於教學和其它受限制的領域。使用者還可以在一定時間內免費使用評估版本,以便於決定是否購買該軟體。

PyMOL的原始碼目前仍可以免費下載,供使用者編譯。對於LinuxUnix以及Mac OS X作業系統,非付費使用者可以通過自行編譯原始碼來獲得PyMOL執行程式;而對於Windows的使用者,如果不安裝第三方軟體,則無法編譯原始碼。這表示使用Windows的使用者取得新版PyMOL(PyMOL1.0及之後的版本)執行程式的方式就是成為付費會員,或者使用第三方軟體(如Cygwin)進行編譯[3]

類似軟體 編輯

參考文獻 編輯

  1. ^ Release 2.5.0. 2021年5月10日 [2021年5月16日]. 
  2. ^ PyMOL v2.5.5 Maintenance Release. 2023年3月27日 [2023年10月12日]. 
  3. ^ (英文)Windows Install. [2008年1月9日]. (原始內容存檔於2007年10月25日). 

外部連結 編輯