生物病毒分类表
本頁面列出了生物病毒的分類,包含病毒以及類病毒、普利昂蛋白、衛星病毒等等得亞病毒因子。
生物分類表 |
生物分類表 |
由於病毒並不像其他生物能藉由交配產生後代,因此在種別的定義上與一般生物有所不同。
概论编辑
ICTV分类法编辑
國際病毒分類委員會(International Committee on Taxonomy of Viruses,簡稱ICTV)在1966年建立起了一个病毒分类的通用系统和统一的命名法则。其七届ICTV会议首次规范化了病毒物种的概念,即病毒分类的分支层次中的最低分类单元。[1]分類的主要依據是病毒顆粒的特性、抗原特性與生物特性。
到目前为止只有一小部分的病毒得到了研究,从来自人体的病毒样品中发现有20%的序列是未曾发现过的,而来自环境中(如海水、大洋沉积物等)的病毒样品则大部分的序列都是全新的。[2]
病毒分类从域开始,结构如下,分类后缀在括号中:[3]
- 域 Realm (-viria)
物种名称通常以[疾病]病毒的形式出现,尤其是高等动植物。 ICTV2019版分类表中总共有4个域, 9个界, 16个门, 2个亚门, 36个纲, 55个目, 8个亚目, 168个科, 103个亚科, 1421个属, 68个亚属, 6590个种。除亚域、亚界和亚纲外,其他级别的分类单元都被使用。共有4个域,1个地位未定目,24个地位未定科,3个地位未定属被承认[4]。
巴尔的摩分类法编辑
诺贝尔奖获得者生物学家戴维·巴尔的摩在1970年代提出了巴尔的摩分类系统。[5]巴尔的摩分类法与ICTV分类法一起用于现代病毒的分类。[6][7][8]
巴尔的摩分类法是基于病毒mRNA的生成机制。在从病毒基因组到蛋白质的过程中,必须要生成mRNA来完成蛋白质合成和基因组的复制,但每一个病毒家族都采用不同的机制来完成这一过程。病毒基因组可以是单链或双链的RNA或DNA,可以有也可以没有反转录酶。而且,单链RNA病毒可以是正义(+)或反义(-)。这一分类法将病毒分为7类:
- 第一类是双链DNA病毒(如腺病毒、疱疹病毒、痘病毒)
- 第二类是单链DNA病毒(+)DNA(如小DNA病毒)
- 第三类是双链RNA病毒(如呼腸孤病毒)
- 第四类是(+)单链RNA病毒(如微小核糖核酸病毒、披盖病毒)
- 第五类是(-)单链RNA病毒(如正黏液病毒、炮彈病毒)
- 第六类是单链RNA反转录病毒(如反转录病毒)
- 第七类是双链DNA反转录病毒(如肝病毒)
举一个病毒分类的例子:水痘病毒,即带状疱疹病毒,属于疱疹病毒目,疱疹病毒科,甲型疱疹病毒亚科,水疱病毒属;同时,带状疱疹病毒是巴尔的摩分类法中的第一类,因为它是双链DNA病毒,且不含有反转录酶。
ICTV 2019版病毒分类表编辑
國際病毒分類委員會(International Committee on Taxonomy of Viruses,簡稱ICTV)是国际微生物学联合会(International Union of microgical Societies)发展、改进和维护通用病毒分类的唯一机构。该系统与细胞生物分类系统有许多共同特征,如分类单元结构,但也存在一些差异,比如所有分类名称都使用斜体,这与国际藻类、真菌和植物命名法以及国际动物命名法不同。
编辑
- 香港病毒界 Heunggongvirae 2 门
- 衣壳病毒门 Peploviricota 1 纲
- 尾噬菌体门 Uroviricota 1 纲
- 有尾噬菌体纲 Caudoviricetes 1 目
- 有尾噬菌体目 Caudovirales 9 科, 1 属
- 埃凯曼病毒科 Ackermannviridae 2 亚科, 1 属, 2 种
- 自复制短尾噬菌体科 Autographiviridae 9 亚科, 69 属
- 蔡斯噬菌体科 Chaseviridae 6 属
- 德默莱兹噬菌体科 Demerecviridae 3 亚科, 4 属
- 德雷克斯勒噬菌体科 Drexlerviridae 4 亚科, 6 属
- 代列尔噬菌体科 Herelleviridae 5 亚科, 3 种
- 肌尾噬菌体科 Myoviridae 5 亚科, 121 属, 3 种
- 短尾噬菌体科 Podoviridae 3 亚科, 37 属, 7 种
- 长尾噬菌体科 Siphoviridae 13 亚科, 228 属, 1 种
- 百合病毒属 Lilyvirus 1 种
- 有尾噬菌体目 Caudovirales 9 科, 1 属
- 有尾噬菌体纲 Caudoviricetes 1 目
编辑
包含4界
- 洛布病毒界 Loebvirae 1 门
- 桑格病毒界 Sangervirae 1 门
- 称徳病毒界 Shotokuvirae 2 门
- 科萨特病毒门 Cossaviricota 3 纲
- CRESS DNA病毒门 Cressdnaviricota 2 纲 编码复制相关蛋白的环状单链DNA病毒(Circular replication-associated protein-encoding single-stranded DNA viruses, CRESS DNA viruses)
- 精氨酸指针病毒纲 Arfiviricetes 5 目
- 硅藻病毒目 Baphyvirales 1 科
- 硅藻DNA病毒科 Bacilladnaviridae 3 属
- 圆环病毒目 Cirlivirales 1 科
- 圆环病毒科 Circoviridae 2 属
- CRESS亚基因组目 Cremevirales 1 科
- 小环状DNA病毒科 Smacoviridae 6 属
- 多基因病毒目 Mulpavirales 1 科
- 矮缩病毒科 Nanoviridae 2 属, 1 种
- 圆形CRESS病毒目 Recrevirales 1 科
- 圆形病毒科 Redondoviridae 1 属
- 硅藻病毒目 Baphyvirales 1 科
- Rep单链编码病毒纲 Repensiviricetes 1 目
- 精氨酸指针病毒纲 Arfiviricetes 5 目
- 特拉帕尼病毒界 Trapavirae 1 门
核糖病毒域 Riboviria编辑
包含2 界, 2 科, 4 属
- 正RNA病毒界 Orthornavirae 5 门, 2 科, 1 属
- 双链RNA病毒门 Duplornaviricota 3 纲
- 黄色病毒门 Kitrinoviricota 4 纲
- 光滑裸露病毒门 Lenarviricota 4 纲
- 負核糖病毒門 Negarnaviricota 2 亚门
- 简单病毒亚门 Haploviricotina 4 纲
- 复杂病毒亚门 Polyploviricotina 2 纲
- 艾略特病毒纲 Ellioviricetes 1 目
- 布尼亚病毒目 Bunyavirales 12 科
- 沙状病毒科 Arenaviridae 4 属
- 甲壳类林肯病毒科 Cruliviridae 1 属
- 费莫病毒科 Fimoviridae 1 属 (无花果花叶病毒科)
- 汉坦病毒科 Hantaviridae 4 亚科
- 利什曼原虫布尼亚病毒科 Leishbuviridae 1 属
- 多足类湖北病毒科 Mypoviridae 1 属
- 内罗病毒科 Nairoviridae 3 属
- 泛布尼亚病毒科 Peribunyaviridae 4 属
- 幻影病毒科 Phasmaviridae 5 属
- 白纤病毒科 Phenuiviridae 19 属
- 番茄斑萎病毒科 Tospoviridae 1 属
- 武汉蜈蚣病毒科 Wupedeviridae 1 属
- 布尼亚病毒目 Bunyavirales 12 科
- 流感病毒纲 Insthoviricetes 1 目
- 艾略特病毒纲 Ellioviricetes 1 目
- 小RNA病毒超群门 Pisuviricota 3 纲
- 双链-小双节RNA病毒纲 Duplopiviricetes 1 目
- 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes 3 目
- 網巢病毒目 Nidovirales 8 亚目 (嵌套病毒目)
- 深海病毒亚目 Abnidovirineae 1 科
- 深海病毒科 Abyssoviridae 1 亚科
- 亚目 Arnidovirineae 4 科
- 動脈炎病毒科 Arteriviridae 6 亚科
- 科 Cremegaviridae 1 亚科
- 科 Gresnaviridae 1 亚科
- 科 Olifoviridae 1 亚科
- 冠狀病毒亚目 Cornidovirineae 1 科
- 冠狀病毒科 Coronaviridae 2 亚科
- 海洋病毒亚目 Mesnidovirineae 2 科
- 科 Medioniviridae 2 亚科
- 中等嵌套病毒科 Mesoniviridae 1 亚科
- 亚目 Monidovirineae 1 科
- 科 Mononiviridae 1 亚科
- 亚目 Nanidovirineae 2 科
- 科 Nanghoshaviridae 1 亚科
- 科 Nanhypoviridae 1 亚科
- 桿狀網巢病毒亚目 Ronidovirineae 2 科
- 亚目 Tornidovirineae 1 科
- 科 Tobaniviridae 4 亚科
- 深海病毒亚目 Abnidovirineae 1 科
- 微小核糖核酸病毒目 Picornavirales 8 科
- 南方菜豆花叶病毒目 Sobelivirales 3 科
- 囊孢虫RNA病毒科 Alvernaviridae 1 属
- 杯状RNA病毒科 Barnaviridae 1 属
- 南方菜豆花叶一品红病毒科 Solemoviridae 2 属
- 網巢病毒目 Nidovirales 8 亚目 (嵌套病毒目)
- 星状-马铃薯病毒纲 Stelpaviricetes 2 目
- 双RNA病毒科 Birnaviridae 7 属
- 复制酶置换四体病毒科 Permutotetraviridae 1 属
- 葡萄孢菌病毒属 Botybirnavirus 1 种
- 副RNA病毒界 Pararnavirae 1 门
- 多真菌病毒科 Polymycoviridae 1 属
- 小节肢动物病毒科 Sarthroviridae 1 属
- 烟草坏死卫星病毒属 Albetovirus 3 种
- 绿萝卫星病毒属 Aumaivirus 1 种
- 黍花叶卫星病毒属 Papanivirus 1 种
- 烟草花叶卫星病毒属 Virtovirus 1 种
编辑
包含2界
- 班福病毒界 Bamfordvirae 2 门
- 海尔维蒂病毒界 Helvetiavirae 1 门 (瑞士病毒)
地位未定种类编辑
地位未定目:
地位未定科:
- 阿尔法卫星病毒科 Alphasatellitidae 2 亚科, 1 种
- 瓶状病毒科 Ampullaviridae 1 属
- 指环病毒科 Anelloviridae 14 属
- 鳄梨日斑类病毒科 Avsunviroidae 3 属
- 杆状病毒科 Baculoviridae 4 属
- 双尾病毒科 Bicaudaviridae 1 属
- 棒状病毒科 Clavaviridae 1 属
- 芬兰湖病毒科 Finnlakeviridae 1 属
- 微小纺锤形噬菌体科 Fuselloviridae 2 属
- 球状病毒科 Globuloviridae 1 属
- 滴狀病毒科 Guttaviridae 2 属
- 嗜盐纺锤形噬菌体科 Halspiviridae 1 属
- 肥大唾腺炎病毒科 Hytrosaviridae 2 属
- 線極病毒科 Nimaviridae 1 属 (线头病毒科)
- 裸杆状病毒科 Nudiviridae 2 属
- 卵形病毒科 Ovaliviridae 1 属
- 芽生噬菌体科 Plasmaviridae 1 属
- 多去氧核糖核酸病毒科 Polydnaviridae 2 属
- 带球病毒科 Portogloboviridae 1 属
- 马铃薯纺锤形块茎类病毒科 Pospiviroidae 5 属
- 嗜热圈形病毒科 Spiraviridae 1 属
- 奇古菌纺锤形噬菌体科 Thaspiviridae 1 属
- 番茄曲叶卫星病毒科 Tolecusatellitidae 2 属
- 三层病毒科 Tristromaviridae 1 属
地位未定属:
亞病毒因子(Subviral Agents)编辑
衛星(Satellites)编辑
- 卫星病毒 Satellite virus
- 单链核糖核酸卫星病毒 Single-stranded RNA satellite virus
- 双链DNA卫星病毒 Double-stranded DNA satellite virus
- 属未定
- Satellite nucleic acid
- Single-stranded satellite DNA
- Double-stranded satellite RNA
- Single-stranded satellite RNA
- RNA satellite
- 属未定
類病毒(Viroids)编辑
- Pospiviroidae
- Pospiviroid
- Hostuviroid
- Cocadviroid
- Apscaviroid
- Coleviroid
- 属未定
- Avsunviroidae
- Avsunviroid
- Pelamoviroid
- Elaviroid
- 科未定
朊毒體(Prions)编辑
- Mammal-prion
- Fungi-prion
干扰缺损病毒(Defective Interfering)编辑
- 缺损干扰RNA Defective Interfering RNA
- Defective interfering particle
- ^ Fields p. 27
- As defined therein, "a virus species is a polythetic class of viruses that constitute a replicating lineage and occupy a particular ecological niche". A“polythetic" class is one whose members have several properties in common, although they do not necessarily all share a single common defining one. Members of a virus species are defined collectively by a consensus group of properties. Virus species thus differ from the higher viral taxa, which are“universal”classes and as such are defined by properties that are necessary for membership.
- ^ (英文)Delwart EL. Viral metagenomics. Rev. Med. Virol. 2007, 17 (2): 115–31. PMID 17295196. doi:10.1002/rmv.532.
- ^ ICTV Code. talk.ictvonline.org. International Committee on Taxonomy of Viruses. [26 April 2020].
- ^ Virus Taxonomy: 2019 Release. talk.ictvonline.org. International Committee on Taxonomy of Viruses. [26 April 2020].
- ^ (英文)Baltimore D. The strategy of RNA viruses. Harvey Lect. 1974,. 70 Series: 57–74. PMID 4377923.
- ^ van Regenmortel MH, Mahy BW. Emerging issues in virus taxonomy. Emerging Infect. Dis. 2004, 10 (1): 8–13. PMID 15078590.
- ^ (英文)Mayo MA. Developments in plant virus taxonomy since the publication of the 6th ICTV Report. International Committee on Taxonomy of Viruses. Arch. Virol. 1999, 144 (8): 1659–66. PMID 10486120. doi:10.1007/s007050050620.
- ^ (英文)de Villiers EM, Fauquet C, Broker TR, Bernard HU, zur Hausen H. Classification of papillomaviruses. Virology. 2004, 324 (1): 17–27. PMID 15183049. doi:10.1016/j.virol.2004.03.033.