- 1895年（光绪21年、明治28年）11月，大日本帝国陆军省沓挂龟太郎于嘉义设诊断所。
- 1896年（明治29年）7月，于嘉义市三角窗街（今光彩街与文昌街交叉点东南一带）新建院舍，设有病房。
- 1897年（明治30年）5月，诊断所改称“嘉义县嘉义病院”。
- 1898年（明治31年）6月，改由台湾总督府直辖，更名“台湾总督府嘉义病院”。
- 1906年（明治39年），遭逢1906年梅山地震，院舍倒塌。
- 1907年（明治40年），迁往嘉义孔庙旧址，文化路旧院区院舍竣工。
- 1941年（昭和16年）12月，遭逢1941年中埔地震，大部分院舍倒塌。
- 1942年（昭和17年），院舍重建（今中央广场）。
- 1945年（民国34年）8月，中华民国接收台湾，更名“台湾省立嘉义医院”，简称省嘉医院。
- 1999年（民国88年）7月，台湾省虚级化，改隶行政院卫生署，更名“行政院卫生署嘉义医院”，简称署嘉医院。
- 2000年（民国89年）9月，北港路院区新医疗大楼完工。
- 2002年（民国91年）3月，正式迁往北港路院区。
- 2013年（民国102年）7月23日，配合行政院组织改造，行政院卫生署改为卫生福利部，并同更名为“卫生福利部嘉义医院”。
| 任次
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姓名
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就职时间
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卸任时间
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| 1
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魏炳炎
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1945年11月
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1949年10月
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| 2
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詹添木
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1949年11月
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1962年4月
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| 3
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陈金树
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1962年5月
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1971年7月
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| 4
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黄东录
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1971年7月
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1976年1月
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| 5
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陈英松
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1976年1月
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1982年8月
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| 6
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陈活源
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1983年1月
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1989年12月
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| 7
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黄玉阶
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1990年1月
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1995年10月
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| 8
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胡雅雄
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1995年10月
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2001年10月
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| 代理
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徐永年
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2001年10月
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2002年2月
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| 9
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林信男
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2002年3月
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2003年8月
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| 10
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林水龙
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2003年10月
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2006年1月
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| 代理
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黄文良
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2006年1月
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2006年6月
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| 代理
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陈进堂
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2006年6月
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2007年6月
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| 代理
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徐永年
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2007年6月
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2008年2月
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| 11
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黄龙德
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2008年2月
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2011年4月
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| 代理
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何镇明
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2011年4月
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2011年8月
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| 12
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许家祯
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2011年8月
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2014年8月
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| 代理
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白锡彦
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2014年8月
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2015年3月
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| 13
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陈启仁
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2015年3月
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2017年3月
|
| 代理
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白锡彦
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2017年3月
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2017年7月
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| 14
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黄元德
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2017年7月
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2023年7月
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| 15
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庄仁宾
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2023年7月
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现任
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中华民国（台湾）嘉义市西区北港路312号